Existe grande confusão entre estes termos. Quando uma indústria farmacêutica lança um novo produto, ele ganha um nome de fantasia, chamado de nome comercial, como por exemplo Viagra®; este é chamado medicamento original ou de referência, e, durante alguns anos, costuma ser a única versão disponível à venda.
O nome do componente principal da medicação é chamado de princípio ativo, e, no caso do Viagra®, é a sildenafila. Normalmente, quando o produto é lançado pela indústria existe exclusividade, isto é, ninguém mais pode comercializar esse mesmo princípio ativo até que expire a patente. Uma vez expirada a patente, outros laboratórios podem comercializar o mesmo princípio ativo, porém com outro nome comercial. Esses são chamados de similares. Trata-se, portanto, do mesmo produto, porém fabricado por outros laboratórios e com nome comercial diferente, e costumam surgir vários nomes comerciais de fantasia, um de cada fabricante.
Caso algum laboratório tenha interesse em fabricar uma versão genérica do medicamento, deve submeter amostras do produto à avaliação do ministério da saúde. Caso os custosos testes feitos pelo ministério indiquem que o efeito desse produto é muito semelhante ou igual ao do original, ele recebe o selo de genérico e é vendido sem nome comecial, apenas com o nome do princípio ativo (sildenafila genérica, no exemplo citado). Portanto, original, genérico e similar são todos o mesmo produto, com fabricantes (e preços) diferentes. Nem sempre o original é o mais caro dos 3, e nem sempre o genérico é o mais barato.
Quanto aos manipulados, tratam-se de medicações cuja patente já expirou e são fabricadas pela indústria em forma de pó ou líquido e compradas a granel pelas farmácias de manipulação. Essas farmácias se encarregam de dosar as quantidades corretas em cápsulas ou outras embalagens, que depois são vendidas ao público. São úteis em casos especiais, por exemplo, para doses incomuns. De um modo geral, não recomendamos o uso de medicamentos manipulados.